A Van Gaal-korszak
Cruyffot Bobby Robson követte. Az angol edző azonban rövid idő elteltével távozott és a helyére az AFC Ajax sikeredzője Louis van Gaal érkezett. Az új edzőkkel az FC Barcelona az 1996–97-es szezonban is megnyerte a kupagyőztesek Európa-kupáját és két egymást követő bajnoki címet szerzett. A sikerek ellenére egyre inkább növelte a megosztottságot az az érzés, hogy lezárult egy fontos és sikeres korszak az egyesület életében. A holland edző a klub egyik legellentmondásosabb edzője volt. Viszonylagos sikerei ellenére érzelemmentes hozzáállása és taktikája a szurkolókban ellenérzést keltett. Különösen népszerűtlen volt a hazai tehetségek eladása, valamint a holland játékosok tömeges leigazolása miatt (összesen nyolc honfitársát szerződtette). Sokan kritizálták szigora és az erőnléti edzések intenzitása miatt is. A sajtóval állandóan hadban állt, a kritikákat pedig mereven elutasította. Az 1999–2000-es szezon sikertelensére való tekintettel Josep Lluís Núñez távozott az elnöki posztról. Louis van Gaal Núñezzel szolidaritást vállalva szintén távozott a klubtól 2000-ben.
